芝麻立枯病分布广泛，各芝麻产区均有发生，以南方产区发生较重。

芝麻立枯病是苗期常见重要病害。初发病时，芝麻茎基部或地下部一侧呈黄色至黄褐色条斑，逐渐凹陷腐烂，后绕茎部扩展，最后茎部缢缩成线状，幼苗折倒。轻病苗有时能恢复生长。

(1)越冬。病原菌以菌丝体和菌核在土壤和病残体内越冬。(2)侵入。第二年地温高于10℃开始萌发，进入腐生阶段。遇适宜的环境条件，病菌从气孔、伤口或表皮直接侵入，引起发病。后病部长出菌丝继续向四周扩展。此外该病还可通过风雨、灌溉水、肥料或种子传播蔓延。

苗期降雨多、土壤湿度大，发病严重。

(1)苗床消毒。在苗床整畦时，每公顷用70％敌克松可湿性粉剂15千克，对干细土450kg，拌匀成药土，播种前撒施畦内。(2)种子处理。播种前用种子重量0.2％的40％福美双、60％多福合剂或50％多菌灵可湿性粉剂拌种。(3)农业防治：选用耐渍性强的品种。与非寄主作物轮作，避免重作。精细整地，采用高畦栽培，适期播种。雨后及时排出田间积水，降低土壤湿度。及时间苗、中耕，提高土温，增强植株抗病力。(4)药剂防治：发病初期喷洒药剂防治，每隔7天喷洒1次，连续喷洒2～3次。药剂可选用50％多菌灵可湿性粉剂1 000倍液，或70％敌克松可湿性粉剂1 000倍液，或75％百菌清可湿性粉剂600倍液，或20％甲基立枯磷乳油1 000倍液。