菌核病是茴香的一种重要病害，以老菜区发生较多，发生严重时发病率可达30%以上，明显影响产量和质量。

主要为害茎和叶柄。被害株呈凋萎状，病部呈褐色湿润状，后变变软腐烂，表面缠绕蛛丝状霉，后期病部表面及茎腔内产生黑褐色鼠粪状菌核。

病原以菌核和菌丝体随病残体遗落土中越冬。在适宜条件下，菌核萌发形成子囊盘，子囊盘产生子囊孢子进行初侵染，借气流传播蔓延。病部产生的菌丝体通过接触扩大为害。

田间有马齿苋、灰藜等杂草时，菌核病能侵染这些杂草并传播到蔬菜上引起发病。病地连作，植地低洼，偏施过施氮肥，植株柔弱，易发病。

(1)种子消毒。种子消毒可用10%盐水洗种，再用清水反复洗种子几次，晾干后再播种。(2)农业防治。从无病地或无病株上采种。轮作倒茬，可与葱蒜类实行轮作。清洁田园。夏季高温休闲期间，深翻土壤40cm，起高垄30cm。灌水，铺盖地膜，密闭棚室10～15天。用无病土培育壮苗。施腐熟有机肥，增施磷钾肥。采用地膜覆盖或应用无滴棚膜。保护地注意通风降湿，及时清除病株。深翻土地，把子囊盘埋入10cm以下土中。棚室内湿度达到85%以上时，棚温可控制在22～25℃；如湿度不大，棚温可控制在芹菜生长最适宜的15～20℃温度范围内；棚内夜温不要超过15℃。棚室内杜绝大水漫灌，更不要造成畦内积水。棚内湿度大时要适当延长通气时间，加大通风量。(3)化学防治。药剂防治突出一个“早”字，要在发病初期及时喷药防治，隔7～8天喷1次，连续2～3次即可，药剂可选用40%菌核净可湿性粉剂 1 000倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂 1 000～1 500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂 1 000～1 500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂 500倍液。棚室内每亩用10%烟剂腐霉利或45%百菌清烟剂250g，熏一夜。