菌核病是冬瓜的一种常见病害。

主要为害果实和茎蔓。苗期至成株期均可发病。(1)果实。多在残花部发病，呈水浸状腐烂，后期病部长出白色菌丝，并纠结成黑色菌核。(2)茎蔓。病初在近地面的茎部产生褪色水浸状病斑，后逐渐扩大并呈褐色，高湿条件下病茎软腐，长出白色棉毛状菌丝。病茎髓部腐烂中空，纵裂干枯。(3)叶柄、叶、幼果。病初呈水浸状并迅速软腐，后长出大量白色菌丝，菌丝密集形成黑色鼠粪状菌核。

病原以菌核遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的菌核，随播种进入田间传播蔓延。病原通过空气传播，从花和衰老叶片侵入，病健株接触进行再侵染。

(1)发病时期。南方菜区多在2～4月份及11～12月份发病，北方菜区多在3～5月份及9～10月份发病。(2)气候因素。该病对水分要求较高；相对湿度高于85%，温度在15～20℃利于病原生长。低温、湿度大或多雨的早春或晚秋有利于该病发生和流行，菌核形成时间短，数量多。(3)栽培因素。连年种植葫芦科，茄科及十字花科蔬菜的田块，排水不良的低洼地或偏施氮肥或霜害，冻害条件下发病重。

(1)种子消毒。播前用10%盐水漂种2～3次，汰除菌核。或用50℃温水浸种10分钟，可杀死菌核。(2)农业防治。最好实行水旱轮作。夏季病田灌水浸泡半个月，收获后及时深翻土地20cm。覆盖地膜抑制子囊盘出土。棚室上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，发病后可适当提高夜温以减少结露，早春日均温控制在29～31℃高温，相对湿度低于65%可减少发病。(3)化学防治。定植前每公顷用20%甲基立枯磷7500g配成药土耙入土中。在盛花期喷50%农利灵可湿性粉剂 1 000倍液，或60%防霉宝超微粉600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂 1 500倍液加70%甲基托布津可湿性粉剂 1 000倍液，隔8～9天喷1次，连续3～4次。病情严重时，除正常喷雾外，还可把上述杀菌剂对成50倍液，涂抹在瓜蔓病部，可控制病情扩展。棚室或露地出现子囊盘时，每公顷用15%腐霉利烟剂3750g，熏一夜，或50%腐霉利可湿性粉剂 1 500倍液喷雾。