(1)拔除病苗。对病树应加强肥水管理，增强树势，对丧失结果能力的重病树和未结果的病幼树，及时刨除;控制蚜虫和红蜘蛛为害，修剪用具使用后及时消毒。环剥口过宽的，可进行桥接。将轻型花叶症状植株上的枝条嫁接到为害严重的树上能减轻症状。将带毒苗木和接恒温下培养28-40天，可获得脱毒苗木;或将芽条在70℃热空气中10分钟，可获得脱毒芽条;也可用种子繁殖砧木

(2)春季展叶时喷20％盐酸吗啉胍·乙酸铜可湿性粉剂4000倍液，或0.5％氨基寡糖素水剂500倍液，隔15～20天喷1次，连续2-3次。果实采收前再喷1次;也可以在萌芽前后，用0.05％-0.1％稀土溶液树干注射1～2次，株用量0.5～1kg。严重果园建议选用毒氟磷或6%氨基寡糖素·极细链格孢激活蛋白1000倍进行预防。

苹果树感染花叶病后，便成为全株性病害，只要寄主仍然存活，病毒也一直存活并不断繁殖。病毒主要靠嫁接传播，修剪用具连续使用不消毒而造成的人为传毒。菟丝子也可以传毒。种子一般不传染。不同苹果品种的感病性有明显差异。高温多雨，当气温在10～20℃，光照较强，症状较重。树势衰弱时，症状较重，幼树比成株易发病。土壤干早，水肥不足时发病重。