枯萎病是冬瓜的一种主要病害。各地均有分布，发生普遍。

苗期、成株期均可发病。主要为害茎蔓和叶片。(1)幼苗。子叶不均匀黄化，不久干枯，幼茎、叶片、叶柄及生长点萎蔫或根茎基部变褐、缢缩或猝倒。(2)成株。发病初始时病株下部叶片褪绿、变黄，茎基部纵裂或部分叶片中午萎蔫，傍晚又逐渐恢复的症状。如此反复，并往上部叶片发展，几天后植株枯死。茎基先出现水浸褐色病斑，茎和叶柄上的维管束呈水浸状变褐色。后期茎基部凹陷纵裂，有时有琥珀色胶状物溢出。潮湿时病部产生白色或粉红色霉状物，即病原的菌丝体和分生孢子。横向剖开病茎可见维管束呈黄褐色至深褐色。有的植株出现半边枯萎、半边正常的现象，是由于植株的部分维管束受感染的缘故。病茎在室温下保湿，1～2天内可长出大量的白色霉状物。

(1)越冬与初侵染源。病原随病残体留在土壤中越冬，从根部入侵，成为初侵染源。种子带菌和带有病残体的有机肥，是无病区的初侵染源。种子带菌和带有病残体的有机肥，是无病区的初侵染源。(2)传播特点。地上部重复侵染主要靠灌溉水，地下部当年很少重复侵染。

行轮作倒茬的地块发病较轻，连年栽种的地块发病较重。嫁接换根苗种植的发病较轻，没有嫁接种植的植生苗发病较重。采用高垄、直播或排水条件好的地块发病较轻，平畦、移栽或浸水的地块发病较重。中性、弱碱性的地块发病较轻，酸性强的地块发病较重。苗期和冬瓜成熟后期发病较轻，开花期、坐瓜期和气温在20～30℃又多雨的季节发病较重。

(1)种子消毒。催芽前用2.5%咯菌腈悬浮种衣剂1 500倍液浸种30分钟，捞出经清水洗净后催芽，或在催芽后用种子重量0.3%的50%可湿性粉剂福美双拌种后播种。(2)农业防治。选用抗病良种。对土壤pH在7.0以下的田块，可结合整地，撒施石灰粉。采用丝瓜、南瓜或西葫芦作砧木与冬瓜接穗进行嫁接。嫁接方法采用插接法或靠接法。有条件的地方3～5年或2～3年轮作1次。没条件的地方当年水旱轮作1次。可采用高垄种植，开设环田排水沟，雨后及时清沟排水。实行直播或药土营养钵育苗，畦面覆盖稻草或地膜，避免移栽或中耕锄草时造成根部伤口病原侵染。收获后及时清除烧毁病株残体。用云南黑籽南瓜为砧木培育嫁接苗。(3)化学防治。育苗时用50%多菌灵可湿性粉剂 1.5kg均拌50kg火烧细土作成药土营养钵育苗。定植时用同样配制的药土护苗。从瓜苗5～8叶期开始，用50%多菌灵可湿性粉剂 1 500倍液或2.5%适乐时2 000倍液，或50%百菌清可湿性粉剂 300倍液进行交替灌根，每穴浇0.5～1kg药液，间隔20～30天1次，至盛花坐瓜期共3～4次。